Los microtomos para cortar material incluido en parafina son probablemente los más usados en los laboratorios de histología. Todos poseen varias partes comunes: una cuchilla, un portamuestras y un sistema mecánico que permite avanzar el bloque de parafina, con la muestra dentro, sobre la cuchilla un intervalo de distancia que se corresponde con el grosor de la sección que pretendemos obtener, y realizar el corte.
Hay dos tipos de microtomos para parafina: el de rotación y el de deslizamiento. El microtomo de rotación (Figura 1) provoca el corte gracias a la transformación de un movimiento de rotación en otro de ascenso y descenso del portamuestras que sostiene a la muestra incluida en parafina. En el movimiento de subida se produce un acercamiento del portamuestras hacia la cuchilla mayor o menor según el grosor de corte seleccionado. En el portamuestras existe un sistema mecánico que permite orientar la superficie de corte de la muestra respecto a la cuchilla. En estos microtomos la cuchilla se mantiene fija durante el proceso de corte, pero puede regularse el ángulo de ataque, es decir, el ángulo de la hoja de la cuchilla respecto a la superficie de la muestra. Con el microtomo de deslizamiento (Figura 2) se obtienen cortes mediante un movimiento de deslizamiento del bloque sobre la cuchilla, o viceversa. En estos microtomos el movimiento lo proporciona directamente la mano, que es de ida y vuelta, siendo en la vuelta cuando se eleva la posición del bloque, o disminuye la de la cuchilla, una distancia que nos dará el grosor del corte.
Tanto el microtomo de rotación como el de deslizamiento tienen ventajas e inconvenientes. La principal ventaja del de rotación es su precisión, la posibilidad de obtener secciones seriadas con facilidad y la automatización del proceso de corte mediante motores eléctricos. Los microtomos de deslizamiento son más sencillos mecánicamente y su disposición permite cortar bloques más grandes, o bloques de celoidina, aunque este tipo de microtomos está cayendo en desuso.
Hay que llevar a cabo una serie de procesos sobre el bloque de parafina antes de hacer el primer corte útil a nuestra muestra (Figura 3). En primer lugar hay que retallar el bloque hasta hacer una pirámide truncada. Antes de retallar hay que considerar cual de las caras laterales de esta pirámide será el frente de ataque, es decir, cual será la que primero se ponga en contacto con la cuchilla. Esta cara deberá ser más ancha que la opuesta, y ambas han de ser paralelas. Con el retallado se consigue una buena orientación de nuestra muestra en las secciones, la diferencia en el tamaño de la caras permite que cada nuevo corte arrastre sin problemas al previamente cortado y, por último, al ser las caras paralelas permite que se obtengan tiras rectas de cortes. Una vez retallada la pirámide, y antes de obtener secciones de nuestra muestra, es necesario un proceso de desbastado, es decir, la eliminación del espesor de parafina que hay entre la superficie del bloque y nuestra muestra.
Otro aspecto que hemos de tener en cuentan antes de empezar a cortar es el ángulo de ataque o inclinación de la cuchilla respeto a la superficie de corte de la pirámide. Lo normal es orientar la cuchilla con un ángulo de unos 10 grados respecto a la superficie de corte, aunque se puede modificar según nuestras necesidades.
Una vez comenzado el corte de nuestra muestra se obtienen tiras de secciones unidas por las caras paralelas a la cuchilla (Figura 4). Estas tiras se suelen manipular con pinceles o lancetas y, antes de su fijación definitiva en la superficie de un portaobjetos, han de estirarse para que nuestro tejido quede perfectamente extendido. Aprovechando la hidrofobicidad de la parafina, las secciones se colocan sobre agua calentada a unos 35 °C a 40 °C y el calor estira la secciones sin llegar a su punto de fusión de la parafina, que está en torno a los 60 °C. El estiramiento se puede realizar en baños de agua con regulación térmica o sobre los propios portaobjetos cubiertos de agua y colocados sobre una plancha térmica regulable (Figura 4).
La superficie del portaobjetos donde se colocan las tiras de cortes ha de estar previamente tratada para que nuestro tejido quede adherido durante el procesamiento posterior. Para ello los portaobjetos se recubren con soluciones de gelatina, albúmina, u otras sustancias. Cuando se evapora el agua estas sustancias hacen de adhesivo entre el cristal y nuestro tejido.
Una vez que el agua se ha evaporado y están extendidas las tiras de cortes de parafina sobre el portaobjetos, se procede a un secado exhaustivo en una estufa a una temperatura de entre 35 °C y 40 °C durante toda la noche. Una vez secos, los portaobjetos con las secciones están listos para el procesamiento posterior.
Corte 
