Las características tisulares y celulares finas se observan con los microscopios. Sin embargo, con estos aparatos sólo se pueden observar muestras de tejido que tengan un grosor muy pequeño, ya que de no ser así hay problemas de difusión y penetración de la luz en el caso de los microscopios ópticos y de penetración de los electrones en el caso del microscopio electrónico de transmisión. Por tanto tenemos que hacer secciones de los tejidos que queremos estudiar, las cuales pueden ir desde un grosor de decenas de nanómetros (nm) hasta centenares de micrómetros (µm). Algunos tejidos como los de las plantas, por sus características celulares, permiten su observación en secciones de cientos de µm de grosor. Otros tipos de muestras, como la sangre o los cultivos celulares, pueden observarse directamente puesto que las células se extienden en una capa de una o unas pocas células de grosor.
Como hemos mencionado en las páginas anteriores, podemos decir que cuanto más delgada queramos hacer una sección de tejido más endurecido ha de estar dicho tejido antes de seccionarlo. La dureza de los tejidos depende de sus características (por ejemplo, las paredes celulares hacen que las plantas tengan tejidos duros), de la fijación que hayamos realizado y sobre todo del material en el que hayamos incluido dicho tejido. Una manera más directa de endurecer el tejido es mediante la congelación.
Los aparatos mecánicos para hacer secciones se denominan microtomos. Existen diferentes tipos según el grosor que queramos conseguir en nuestras secciones, según el medio de inclusión en el que se encuentre el tejido y según el proceso de endurecimiento de la muestra: por congelación o por inclusión.
Los microtomos más usados son:
Microtomo para parafina (Figura 1). Se utiliza principalmente para material incluido en parafina y se obtienen secciones de 5 a 20 µm de grosor. Estas secciones se observan con el microscopio óptico.
Microtomo manual (Figura 2). Es un dispositivo muy sencillo que consta de un soporte para sujetar la muestra. Los cortes se realizan a mano con una cuchilla. Este microtomo se usa prácticamente sólo para tejidos vegetales, los cuales son duros gracias a las paredes vegetales. Hace cortes gruesos, 100 µm o más, observables con el microscopio óptico.
Vibratomo (Figura 3). Corta material no incluido, aunque sí fijado o duro, en secciones que pueden ir desde 30 hasta centenares de µm de grosor. Estas secciones se observan con el microscopio óptico.
Microtomo de congelación. Con él se consiguen secciones de 30 a unas 100 µm de grosor a partir de material congelado y se observan con el microscopio óptico.
Criostato (Figura 4). Consigue secciones a partir de material congelado y se obtienen grosores de 10 a 40 µm, para observar con el microscopio óptico.
Ultramicrotomo. Con él se corta material incluido en resinas y se obtienen secciones habitualmente de una pocas decenas de nm de grosor, pero también entre 0,5 y 1 µm. Las secciones de 0,5 µm o más se observan con el microscopio óptico, mientras que las de un grosor de decenas de nm van destinadas a ser observadas con el microscopio electrónico de transmisión.
Ultracriotomo. Su uso no está muy extendido pero se suele emplear cuando se necesitan secciones del orden de nm de material que no se debe incluir. Estas secciones van destinadas a su observación con el microscopio electrónico de transmisión.
Los aparatos de corte más usados tradicionalmente para estudiar las características generales de los tejidos y de las células son el microtomo para material incluido en parafina para observaciones con el microscopio óptico y el ultramicrotomo para observaciones con el microscopio electrónico de transmisión. El criostato se usa también frecuentemente en microscopía óptica por el ahorro de tiempo que supone, por la preservación molecular, ya que no necesita incluir el tejido, e incluso porque se puede cortar material no fijado.
Inclusión en resina 
