Para la inclusión de muestras que han de observarse con el microscopio óptico se utiliza sobre todo la parafina, y en menor medida la celoidina, como medio de inclusión. Vamos a describir los pasos para la inclusión en parafina de muestras de tejido previamente fijadas.
La parafina es una sustancia de aspecto ceroso que está formada por mezclas de hidrocarburos saturados. A temperatura ambiente es sólida y su punto de fusión puede variar entre 40 °C y 70 °C según la composición de la mezcla de hidrocarburos. Así, parafinas más duras a temperatura ambiente tienen un punto de fusión mayor, mientras que las más blandas uno menor. Es recomendable una dureza mayor para incluir muestras más duras. Las parafinas más usadas tienen un punto de fusión en torno a los 60 °C. Podemos también modificar las características de las parafinas añadiendo sustancias para variar su dureza, viscosidad, fragilidad, etcétera.
La parafina no es miscible con agua, mientras que todos los tejidos están formados principalmente por agua. Además, la mayoría de los fijadores son soluciones acuosas. Esto implica que para que la parafina líquida pueda penetrar completamente en el tejido ha de sustituirse el agua por un solvente orgánico, lo que se consigue mediante la deshidratación del tejido en alcoholes, normalmente etanol, de gradación creciente hasta alcohol de 100°. La deshidratación debe ser completa porque de no ser así afectará a la infiltración posterior de la parafina. Además, ha de ser lenta y gradual para evitar retracciones del tejido. Si se deshidrata demasiado las muestras se vuelven quebradizas, mientras que una deshidratación insuficiente impide que los agentes aclarantes y el medio de inclusión penetren bien en los tejidos. La deshidratación se puede hacer también en etanol-acetona, metanol, isopropil alcohol, butanol, glicol y alcoholes desnaturalizados. Durante la deshidratación se pueden introducir aditivos tales como el fenol, que actúa como un agente que reblandece las muestras tales como los tendones o las uñas y masas densas de queratina. Se usa al 4 % en el etanol de 96 %.
Posteriormente se transfiere el tejido a un líquido que es miscible tanto con el alcohol de 100° como con la parafina, denominado sustancia intermediaria, como es el benceno, xileno, tolueno o el óxido de propileno, entre otros. Estas sustancias son normalmente aclarantes por lo que comprobando la translucidez de la pieza podemos cerciorarnos de la penetración de la sustancia intermediaria en el tejido. El tiempo de incubación de la pieza en algunos de estos líquidos intermediarios como el tolueno o xileno no debe ser excesivo puesto que estas sustancias endurecen la pieza y crean problemas al hacer las secciones.
Por último se pasa el tejido a parafina previamente licuada en una estufa regulada a la temperatura apropiada para dicho tipo de parafina. Se suelen hacer incubaciones sucesivas en parafina líquida para favorecer una completa sustitución del líquido intermediario por la parafina. El tiempo que dura dichos pasos depende de lo volátil que sea el líquido intermediario y lo grande que sea nuestra pieza. Será mayor cuanto menos volátil es el líquido intermediario o mayor sea la muestra de tejido. Hay que tener en cuenta que un tiempo excesivo en parafina puede endurecer el tejido. Sin embargo, los efectos de una pobre infiltración pueden ser más perjudiciales que mantener mucho tiempo las muestras en parafina líquida. Tras la infiltración completa de la muestra se vierte parafina líquida en un molde, se introduce la muestra y se coloca según la orientación deseada de corte y se deja solidificar a temperatura ambiente.
Un protocolo común de inclusión en parafina es el siguiente (Figura 1):
La inclusión en celoidina se emplea menos actualmente. La ceolidina se disuelve en partes iguales de alcohol absoluto y éter. A esta solución se transfieren las muestras desde el etanol absoluto. A medida que se evaporan el alcohol y el éter se hace más densa la celoidina. Finalmente se endurece con cloroformo y se mantienen en 80% de etanol. El proceso de inclusión es más largo que el de parafina pero las muestras se endurecen más y provoca menos retracción y deterioro.
Inclusión 
