Las células están divididas en compartimentos, unos formados por membranas y otros simples agregados moleculares. Las compartimentación permite una mayor especialización y un mayor grado de regulación de la fisiología celular. Para que la célula funcione de modo coordinado los compartimentos han de estar comunicados. La comunicación de orgánulos y compartimentos entre sí son esenciales para las reacciones metabólicas, la señalización intracelular, la homeostasis celular, la regulación de la supervivencia, función celular y la defensa frente a patógenos. Como hemos visto en los apartados anteriores, una comunicación intensa entre orgánulos ocurre mediante vesículas. Sin embargo, en la célula hay otros orgánulos que aparentemente quedan fuera de esta vía de comunicación, como las mitocondrias, los plastos, las gotas de lípidos y los peroxisomas. Estos pueden comunicarse entre sí mediante contactos fisísicos de sus membranas (Figura 1) o mediante la emisión de moléculas, como proteínas, que permiten enviar información a largas distancias.
Las mitocondrias y los plastos, incluidos los cloroplastos, son orgánulos rodeados por una doble unidad de membrana y son las principales centrales energéticas de las células eucariotas. Las mitocondrias realizan la fosforilación oxidativa para la producción de ATP, además de llevar a cabo ciertos procesos metabólicos. Los cloroplastos, que forman parte del grupo de orgánulos denominados plastos, se encuentran en las células vegetales y realizan la fotosíntesis, proceso mediante el cual se consigue transformar la energía de la radiación electromagnética de la luz en energía de enlaces químicos. Otros orgánulos como las gotas de lípidos y ciertos plastos son orgánulos encargados de almacenar lípidos, proteínas o carbohidratos. Los peroxisomas son orgánulos rodeados por una unidad de membrana que poseen una alta actividad metabólica relacionada con procesos se oxidación. En los siguientes apartados vamos a ver cada uno de estos orgánulos.